启动子生物信息学分析软件
1.Promoter Prediction :// fruitfly.org/seq_tools/promoter.html 2. PlantCARE(plant cis-acting regulatory elements), a database of plant cis-acting regulatory elements ://bioinatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ 3. promoter 2.0 prediction server :// cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 4. 启动子分析网址: 1 :// fruitfly.org/seq_tools/promoter.html 2 ://alggen.lsi.upc.es/recerca/menu_recerca.html 3 :// cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 4 ://darwin.nmsu.edu/~molb470/ . s/solorz/index.html 5 ://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/ ://bip.weizmann.ac.il/toolbo . ters.html#databases :// fruitfly.org/seq_tools/promoter.html ://sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm :// gene-regulation /pub/programs.html#pmatch ://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter :// dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html ://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ :// cbs.dtu.dk/services/Promoter/ ://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/ ://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/ ://bbs.bbioo /thread-41571-1-1.htm 常用启动子分析 ://bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html#databases :// fruitfly.org/seq_tools/promoter.html ://sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm :// gene-regulation /pub/programs.html#pmatch ://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter :// dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html ://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ :// cbs.dtu.dk/services/Promoter/ ://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/ ://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/ 首先就是想干脆查找有没有人做过这条基因的启动子,在pubmed中输入genename+promoter 接着就想看看有没有数据库可以干脆给出启动子序列的,很幸运竟然发觉一个极好的启动子搜寻讲义网站,如下, ://inn.org.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html 第一步就是要找到基因确定基因所在基因组区域,其中列出很多网站,不过偶还是习惯genbank,在gene栏中search某个基因,不要搞错基因种 属!进入后即可看到该基因的具体条目,别眼花,就点击右侧link栏的Map viewer链接,进入即可看到该基因在染色体上的形象定位,鼠标悬停在基因的起始位点时,即可在阅读器下方的状态栏中显示该位点在染色体上的明确定位, 比如110997788,结合给出的基因跨度,比如110778899-117708899,即可也许确定该启动子在基因组中的也许定位,即 110778899-110997788; 其次步搞清晰基因组状态,我没搞太清晰,不过其中给的一个链接来查出启动子所在克隆(查出克隆号可以购买) :// ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/ 该链接中的clonefinder工具可以做到,只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一个clonelist; 第三步搜寻启动子,其中可以用启动子数据库和启动子预料软件,当然假如启动子数据库中有最好,但很悲观给出的数据库均不能查到!只好用启动子预料软件,运用了几个在线预料工具后觉得下面这个速度贼快,举荐 :// cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 我把该基因的dna序列之后返回了很多个PolII识别位点,究竟哪个是呢?我个人理解启动子应当是翻译起始位点旁边,所以在这个dna序列 中定位翻译起始位点即可找到最近的Highly likely prediction,那么怎么定位呢?利用blast2这个利器,只要把dna和mrna序列粘贴进去提交就ok,正好在翻译起始位点上游几百bp有个 识别位点,ok!启动子序列就是翻译起始位点上游也许1kb长度的序列了! 干脆用ensemble数据库的话,可以干脆知道基因外显子和起始位点的位置,然后干脆可以查到之前的序列,再选3k-4k的长度预料就比较便利了。 启动子及转录因子结合位点数据库及预料工具 (2009-05-14 23:54:56) 转载▼ 突然感觉很GUILTY的,BLOG里竟然不放一点点和探讨有关的重要工具。换了电脑之后才发觉,很多有用的链接都没有COPY下来,于是,从头起先做吧。 这是Andrew给我的他的PAPER里的有关转录因子结合位点的数据库,还有其他网友整理的,都很有用,这个星期有空再核下几个重要基因的SNP。 PROMOTER FINDING AND ANALYSIS PROGRAMS ON THE INTERNET -----------------------------------------------------------