启动子生物信息学分析软件

1.Promoter Prediction // fruitfly.org/seq_tools/promoter.html 2. PlantCARE（plantcis-acting regulatory elements）, a database of plantcis-acting regulatory elements //bioinatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ 3. promoter 2.0 prediction server // cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 4. 启动子分析网址 1 // fruitfly.org/seq_tools/promoter.html 2 //alggen.lsi.upc.es/recerca/menu_recerca.html 3 // cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 4 //darwin.nmsu.edu/molb470/ ... s/solorz/index.html 5 //www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/ //bip.weizmann.ac.il/toolbo ... ters.htmldatabases // fruitfly.org/seq_tools/promoter.html //sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm // gene-regulation /pub/programs.htmlpmatch //ihome.cuhk.edu.hk/b400559/arraysoft_pathway.htmlPromoter // dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html //intra.psb.ugent.be8080/PlantCARE/ // cbs.dtu.dk/services/Promoter/ //bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/ //thr.cit.nih.gov/molbio/signal/ //bbs.bbioo /thread-41571-1-1.htm 常用启动子分析 //bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.htmldatabases // fruitfly.org/seq_tools/promoter.html //sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm // gene-regulation /pub/programs.htmlpmatch //ihome.cuhk.edu.hk/b400559/arraysoft_pathway.htmlPromoter // dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html //intra.psb.ugent.be8080/PlantCARE/ // cbs.dtu.dk/services/Promoter/ //bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/ //thr.cit.nih.gov/molbio/signal/ 首先就是想干脆查找有没有人做过这条基因的启动子，在pubmed中输入genenamepromoter 接着就想看看有没有数据库可以干脆给出启动子序列的，很幸运竟然发觉一个极好的启动子搜寻讲义网站，如下， //inn.org.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html 第一步就是要找到基因确定基因所在基因组区域，其中列出很多网站，不过偶还是习惯genbank，在gene栏中search某个基因，不要搞错基因种 属进入后即可看到该基因的具体条目，别眼花，就点击右侧link栏的Map viewer链接，进入即可看到该基因在染色体上的形象定位，鼠标悬停在基因的起始位点时，即可在阅读器下方的状态栏中显示该位点在染色体上的明确定位， 比如110997788，结合给出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可也许确定该启动子在基因组中的也许定位，即 110778899-110997788； 其次步搞清晰基因组状态，我没搞太清晰，不过其中给的一个链接来查出启动子所在克隆（查出克隆号可以购买） // ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/ 该链接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一个clonelist； 第三步搜寻启动子，其中可以用启动子数据库和启动子预料软件，当然假如启动子数据库中有最好，但很悲观给出的数据库均不能查到只好用启动子预料软件，运用了几个在线预料工具后觉得下面这个速度贼快，举荐 // cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 我把该基因的dna序列之后返回了很多个PolII识别位点，究竟哪个是呢我个人理解启动子应当是翻译起始位点旁边，所以在这个dna序列 中定位翻译起始位点即可找到最近的Highly likely prediction，那么怎么定位呢利用blast2这个利器，只要把dna和mrna序列粘贴进去提交就ok，正好在翻译起始位点上游几百bp有个 识别位点，ok启动子序列就是翻译起始位点上游也许1kb长度的序列了 干脆用ensemble数据库的话，可以干脆知道基因外显子和起始位点的位置，然后干脆可以查到之前的序列，再选3k-4k的长度预料就比较便利了。 启动子及转录因子结合位点数据库及预料工具 2009-05-14 235456 转载▼ 突然感觉很GUILTY的，BLOG里竟然不放一点点和探讨有关的重要工具。换了电脑之后才发觉，很多有用的链接都没有COPY下来，于是，从头起先做吧。 这是Andrew给我的他的PAPER里的有关转录因子结合位点的数据库，还有其他网友整理的，都很有用，这个星期有空再核下几个重要基因的SNP。 PROMOTER FINDING AND ANALYSIS PROGRAMS ON THE INTERNET -----------------------------------------------------------