生物信息数据库大全

生物信息(bioination)数据库大全 摘要摘要: : [生物信息(bioination)数据库大全] http: smartli77 cctrblog net html?do=blogsmammalian)mtDNA 主调控区序列联配数据. http://bio- r.it:8000/BioWWW/#AMMTDB HOVERGEN,脊椎动物(vertebrates)同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes) http://acnuc.univ-lyon1.fr/ ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen) DNA 结构参数库. ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library) NUCLEOSOME 数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测 DNA 中与组蛋白八 聚体结合的位点. ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/ SELEX_DB,随机化序列库. http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/ ASDB,交替剪接基因的数据库. http://hattrick.lbl.gov:8888/ Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库 http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/ IDB 和 IEDB 前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库 http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html EID,外显子、内含子数据库 http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/ ExInt,外显子、内含子数据库 http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html NDB,核酸晶体结构数据库 ftp://ndbserver.rutgers.edu/ http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html VectorDB,载体数据库 Vector 和 Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息 ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig) ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector) 四．RNA 序列和核糖体数据库 1993 年成立的 RNA 学会，在出版 RNA 刊物同时，还维护着两个信息网页： http://www.pitt.edu/~rna1/ http://www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html snoRNA,小核仁 RNA 数据库 http://www.bio.umass.edu/biochem. noRNA-DataBase.html Small RNA 数据库 http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html RNAse P数据库，包含RNA 水解酶 P 的 RNA 亚基序列、联配、二级结构和三维 模型 http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html tmRNA 网点包含 tmRNA 序列、 公认蛋白质水解标记、 序列联配、 确定新 tmRNA 的导引，以及简要综述等 http://www.indiana.edu/~tmrna/ tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的 tmRNA 序列数据 http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html gRNA,导引 RNA 数据库 http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/ SRPDB,信号识别粒子数据库 http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html TransTerm,信使 RNA 的组分和翻译控制信号数据库 http://biochem.otago.ac.nz/Transterm/ 类病毒和类病毒样 RNA 数据库 http://www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/ UTRdb 和 UTRsiteUTRdb 是真核生物 mRNA 的 5’端和 3’端非翻译区序列的 非冗余数据库，UTRsite 搜集这些非翻译区序列中的功能片段 r.it:8000/EmbIT/UTRHome/ ncRNA,似 mRNA 的非编码 RNA 数据库 http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html RNAmods,RNA 修饰数据库 http://www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html ftp://medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods) AARSDB,酰氨基 tRNA 合成酶数据库 http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html tRNA 序列和基因、结构与功能数据库 http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/ PLMItRNA 基于 FastA 的绿色植物线粒体 tRNA 分子和 tRNA 基因的数据库 http://bio- r.it:8000/srs6/ http://www.ebi.ac.uk/services/ 16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp 数据 库，是一批 16S 和 23S 核糖体 RNA 突变数据库 http://www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html ftp://acad.fandm.edu(/nar/) RNA www,RNA 二级结构网页，也有 16S RNA 和 23S RNA 的数据 http://pundit.colorado.edu:8080/RNA/ uRNADB,已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的 uRNA 序列数据 http://psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html U-insertion/deletion,编辑序列数据库，包含 5 个无脊椎动质体目物种的线粒体 基因和编辑后的 mRNA 序列 http://www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html PseudoBase,假扭结数据库 http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html RDP,核糖体数据库计划包含小亚基和大亚基的两部分 rRNA,由已联配的 RNA 序 列以及亲缘树组成 http://