ACMG遗传变异分类标准与指引

ACMGACMG 遗传变异分类标准与指南遗传变异分类标准与指南 1.术语在描述孟德尔疾病相关的基因变异时，建议使用如下五级术语： ① 致病性，②可能致病性， ③意义不明确，④可能良性， ⑤良性建议所有致病性(包括可能致病)的结论需要注明疾病及相应的遗传模式(如 c.1521_1523delCTT (p.Phe508del)，致病性，囊性纤维化，常染色体隐性遗传)。 2.命名基因变异命名依据人类基因组变异协会（the Human GenomeVariation Society, HGVS (https://www.hgvs.org/mutnomen)制定的命名规则，可利用工具提供正确的HGVS 命名来描述变异 (http://mutalyzer.nl)。参考序列应该是完整的，并来源于具有版本号的美国生物技术信息参考序列数据库 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Refseq/)或 LRG 数据库(http://www.lrg-sequence.org)。基因组坐标应根据标准基因组版本(如 hg19)或覆盖整个基因(包括 5 和 3 非翻译区以及启动子) 的基因组参考序列来界定。当描述编码变异时，应该在报告中使用和提供每个基因的一个参考转录本。该转录本应该是最长的已知转录本或者是最具临床相关性的转录本。协会支持的参考转录本通常可以通过LRG 数据库(http://www.lrg-sequence.org)、CDS 共识数据库 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi)、人类基因突变数据库 (http://www.hgmd.cf.ac.uk)、ClinVar (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar) 或特异基因座数据库来确定。 3.文献及数据库使用当临床实验室需要对某一变异进行分类并出具报告时，可在已有的数据库及发表的文献中寻找到有价值的参考信息。数据库主要包括两大类：（1）人群数据库，适用于获取某变异在大规模人群中发生频率的相关信息；（2）疾病数据库，主要包含病患中发现的变异以及对其致病性的评估。 4.生物信息学计算预测程序可以辅助解读序列变异工具主要分为两类：一类可以预测错义改变是否会毁坏其所产生的蛋白质的功能或结构；另一种可以预测是否影响剪接。在序列解读中，不同软件工具组合的预测结果被视为单一证据而不是相互独立的证据，软件分析结果只是预测，他们在序列变异解读中的应该慎用，不建议仅使用这些预测结果作为唯一证据来源去做临床判断。 5. 序列变异解读的拟定标准本指南提供了两套标准: 一是用于对致病或可能致病的变异进行分类(表 3)，另一是用于对良性或可能良性的变异进行分类(表 4)。致病变异标准可分为非常强(very strong，PVS1)，强(strong，PS1~4); 中等(moderate，PM1~6)，或辅助证据(supporting，PP1~5)。良性变异证据可分为独立(stand-alone，BA1)，强(strong，BS1~4)，或辅助证据(BP1~6)。 6.线粒体变异线粒体变异的命名法与核基因的标准命名法不同，使用基因名和m.编号(如 m.8993TC)和 p.编号，而不是标准的 c.编号(见命名法)。目前公认的参考序列是人类线粒体DNA 修订版剑桥参考序列: 基因库序列 NC_012920 gi: 251831106(http://www.mitomap.org/MITOMAP/HumanMitoSeq)。 7.药物基因组学相关基因的汇总及其有临床意义的变异可查询药物基因组学知识库网站 (http://www.pharmgkb.org/)。有关细胞色素 P450 基因家族等位基因及其命名可查询网站 http://www.cypalleles.ki.se/ 表 1 人群数据库，疾病特异性数据库和序列数据库人群数据库人群数据库 Exome Aggregation Consortium http://exac.broadinstitute.org/ 本数据库中的变异信息是通过对 61486 个独立个体进行全外显子测序获得。同时也是多种特殊疾病和群体遗传学研究中的一部分。库中不包括儿科疾病患者及其相关人群。本数据库中的变异信息是通过对几个欧洲和非洲裔大规模人群的全外显子测序获得。当缺乏变异信息时, 默认该数据已覆盖。本数据库中的变异信息是通过对26个种群进行低覆盖度的全基因组测序和高覆盖度的靶序列测序获得。本库所提供的信息比 Exome Variant Server更具多样性，但也包含有低质量的数据，有些群体中还包含有关联性个体在内。本数据库由多种来源获得的短片段遗传变异(通常库中可能缺乏溯源性研究的细节，≤50 bp) 信息组成。也可能包含致病性突变在内。本数据库由多种来源获得的基因结构变异(通常50 bp)信息组成。 Exome Variant Server http://evs.gs.washington.edu/EVS 1000 Genomes Project http://browser.1000genomes.org dbSNP http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp dbVar http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar 疾病数据库疾病数据库 ClinVar http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar OMIM http://www.omim.org 对变异与表型和临床表型之间的关联进行确定的数据库。本数据库所含人类基因和相关遗传背景，同时具有疾病相关基因遗传变异的代表性样本收录与遗传疾病典型相关的样本变异信息。本数据库中的变异注释有文献发表。库中大部分内容需付费订阅。 Human Gene Mutation Database http://www.hgmd.org 其他特殊数据库其他特殊数据库 Human Genome Variation Society http://www.hgvs.org/dblist/dblist.html 本数据库由人类基因组变异协会(HGVS)开发，提供数千种专门针对人群中的特殊变异进行的注释。数据库很大一部分是基于 Leiden Open Variation Database system 建立。使用 Ensemble 基因组浏览器，将基因芯片数据和临床表型进行关联，便于临床医生和研究人员使用的细胞分子遗传学数据库。 Leiden Open Variation Database http://www.lovd.nl DECIPHER http://decipher.sanger.ac.uk 序列数据库序列数据库 NCBI Genomehttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome RefSeqGenehttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq /rsg Locus Refe