DB36_T 1964-2024 新型冠状病毒基因溯源技术规范

ICS 11.020 C 05 DB36 江 西 省 地 方 标 准 DB36/T 19642024 新型冠状病毒基因溯源技术规范 Genetic traceability technical specification for SARS-CoV-2 2024 - 05 - 23 发布 2024- 11 - 01 实施 江 西 省 市场监 督 管理局 发 布 DB36/T 19642024 目 次 前 言 II 1 范围 3 2 规范性引用文件 3 3 术语和定义 3 4 样本采集 3 5 样本运输与管理 4 6 全基因组测序 5 7 序列生成 6 8 结果解读与溯源 6 参 考 文 献 7 I DB36/T 19642024 前 言 本文件按照GB/T 1.1-2020标准化工作导则 第1部分标准化文件的结构和起草规则 的规定起 草。 请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。 本文件由江西省卫生健康委员会提出。 本文件由江西省卫生健康标准化技术委员会（JX/TC 037）归 口。 本文件起草单位江西省疾病预防控制中心。 本文件主要起草人施勇、李健雄、刘师文、肖芳、徐刚、冉鑫、肖大瑾、周珺、张艳妮、刘晓庆、 吴杨博文、王倩、邱伟华、熊英。 II DB36/T 19642024 新型冠状病毒基因溯源技术规范 1 范围 本文件规定了新型冠状病毒基因溯源的样本采集、样本运输与管理、全基因组测序、序列生成、结 果解读与溯源等内容。 本文件适用于承担新型冠状病毒基因溯源相关工作的机构开展基因溯源工作。 2 规范性引用文件 下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。凡是注日期的引用文件， 仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于 本文件。 GB 19489 实验室生物安全通用要求 WS 233 病原微生物实验室生物安全通用准则 WS/T 776 农贸集贸市场新型冠状病毒环境监测技术规范 关于加强高致病性病原微生物菌（毒）种或样本运输管理的通知 赣卫科教发〔2009〕12号 3 术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。 3.1 新型冠状病毒 SARS-CoV-2 引起新型冠状病毒感染的病原体,为冠状病毒属的一个种。 3.2 全基因组测序 whole genome sequencing 对生物样本整个基因组序列进行测定，获得完整的基因组信息。 3.3 基因溯源 genetic traceability 利用生物信息学的分析手段对生物样本的基因组序列进行进化分析，获得该生物样本的系统进化关 系。 4 样本采集 3 DB36/T 19642024 4.1 样本选取原则 结合流行病学调查信息和病例传播链关系，应选择核酸检测结果Ct值≤32且符合以下条件之一的样 本优先开展测序 a 聚集性疫情的首代病例及流行病学关联的关键病例； b 重症和死亡病例； c 65 岁以上年龄组病例和免疫功能低下人群； d 无基础性疾病的 1660 岁人群出现严重疾病的病例； e 新型冠状病毒感染后临床特征、流行特征发生异常变化的典型病例； f 输入性病例、物品及相关环境阳性样本。 4.2 样本类型 4.2.1 病例应采集急性期呼吸道样本，包括上呼吸道样本（鼻咽拭子、 口咽拭子等）或下呼吸道样本 （深咳痰液、肺泡灌洗液、支气管灌洗液、呼吸道吸取物等），重症病例宜优先采集下呼吸道样本。 4.2.2 环境样本应采集物体表面样本或污水样本。 4.3 采集方法及要求 4.3.1 病例样本采集可参照江西省疾控机构新型冠状病毒核酸检测工作手册第二版的相关要求进 行。 4.3.2 同一病例应同时采集 2 份鼻咽拭子或口咽拭子放置在 1 个釆样管内， 以提高病毒载量用于病毒 基因组测序。 4.3.3 环境样本采集可参照 WS/T 776 的相关要求进行。 4.3.4 宜采用非灭活病毒采样管进行采样。 4.3.5 采样管应包装完好，并在有效期内。 5 样本运输与管理 5.1 运输要求 5.1.1 非灭活病毒采样管采集的样本属于 A 类感染性物质，联合国编号为 UN2814，包装参照世界卫生 组织感染性物质运输规章指导的 PI620 分类包装要求。 5.1.2 环境样本属于 B 类感染性物质，联合国编号为 UN3373，包装参照世界卫生组织感染性物质运 输规章指导的 PI650 分类包装要求。 5.1.3 灭活病毒采样管采集的样本参照关于进一步做好新冠病毒实验室生物安全管理工作的通知 的要求，按照非感染性物质管理。 5.1.4 新型冠状病毒潜在感染性物质运输应按照关于加强高致病性病原微生物菌（毒）种或样本运 输管理的通知要求，取得准运证书后，方可运输。 5.2 样本管理 5.2.1 新型冠状病毒样本检测前应专人集中管理，准确记录样本的来源、种类、数量，编号登记、建 立台账，采取有效措施确保样本的安全，严防发生误用、恶意使用、被盗、被抢、丢失、泄露等事件。 5.2.2 样本应尽快进行检测，24h 内检测的样本可置于 2℃8℃保存；24h 内无法检测的样本则应置 于-70℃或以下保存如无-70℃保存条件，则于 2℃8℃冰箱暂存，最长不超过 72h。 4 DB36/T 19642024 6 全基因组测序 6.1 实验室生物安全及个人防护 6.1.1 实验室应依据 GB 19489 和 WS 233 管理要求，确保实验室生物安全和运行有效性。 6.1.2 实验室人员应按照 WS 233 的要求，根据所操作感染性物质的防护等级，选择相适应的防护装 备进行防护。 6.1.3 可参照关于进一步做好新冠病毒实验室生物安全管理工作的通知文件的要求，新型冠状病 毒培养、动物感染实验应当在生物安全三级及以上实验室开展；未经培养的感染性物质、灭活物质的操 作，应当在生物安全二级及以上实验室进行，其中未经 95℃加热 15min 灭活或固定的人体和动物组织 样本的操作应当在三级及以上实验室开展；无感染性物质的操作可以在生物安全一级实验室进行。 6.